Unikátní sbírka
Součástí činnosti zoologické zahrady je i vzdělávací, studijní a vědecká činnost. Tyto funkce v krokodýlí zoo jsou a budou plněny především v zoologickém muzeu, které vzniklo současně se zoo a také na základě sbírky provozovatele zoo.
Soukromé Zoologické muzeum Protivín vzniklo v březnu roku 2009 zápisem do Centrální evidence sbírek Ministerstva kultury ČR. Původní záměr sbírat osteologické preparáty, zejména pak lebky a celé kostry krokodýlů se postupem doby rozrostl na všechny obratlovce, ale i na bezobratlé. Proto nyní sbírka obsahuje více než 1 200 exponátů, mnohdy kompletních systematických skupin obratlovců, např. kočkovité šelmy, medvědi, sloni, nosorožci, zoborožci a rozsáhlou sbírku hmyzu a dalších bezobratlých.
Zoologické MINIMUZEUM
Součástí Krokodýlí ZOO Protivín je i expozice Zoologického muzea Protivín s názvem Zoologické MINIMUZEUM. Návštěvníci si tak v zoo mohou prohlédnout nejen živé krokodýly, ale i jejich lebky a tím lépe rozeznat rozdíly mezi jednotlivými druhy. Vystaveny jsou i lebky největších želv světa, k vidění jsou i menší želvy vč. krunýřů, dále lebky hadů, korálové ryby z Filipín, srdce a plíce aligátora severoamerického a celé kostry např. kajmana brýlového, zmije nosorohé a další.
Výstava Afrika – divočina v srdci
Výstava AFRIKA – divočina v srdci je třetí a zatím největší kolekcí fotografií renomované společnosti National Geographic v České republice. Přibližně sto padesát velkoformátových fotografií představuje Afriku divokou, krutou i krásnou, Afriku, ve které se loví, zabíjí, ale i žije, slaví a užívá.
Bohatou fotografickou část výstavy na téma AFRIKA doplňovalo mimo jiné i Zoologické muzeum Protivín unikátními exponáty osteologických preparátů afrických zvířat jako je slon pralesní, lev, levhart jihoafrický, čáp sedlatý, marabu, impala, krokodýl nilský, buvol kaferský, žirafa Rothchildova, gorila nížinná západní, prase bradavičnaté, nosorožec černý, pakůň bělobradý.
Výstava byla instalována v působivém prostředí Minoritského kláštera a návštěvníkům tak otevřela i další, běžně nepřístupný, pozoruhodný, středověký objekt, včetně kaple s českokrumlovskou „černou madonou“.
Expozice Nosorožci – pamětníci třetihor
Zoologické muzeum Protivín láká návštěvníky na unikátní výstavu nosorožců. Jedinečnost výstavy spočívá především v osteologických a dermoplastických preparátech různých druhů savců, převážně nosorožců. Vystavována je nejrozsáhlejší sbírka koster nosorožců na světě. Jedná se většinou o původní dovozy zvířat Josefa Vágnera z Afriky do ZOO ve Dvoře Králové a Ústí nad Labem v 70. letech minulého století. Divoká zvířata byla umístěna v prostředí, kde byla dobře a pravidelně krmena, a tak dosahovala opravdu raritních parametrů. Návštěvníci si mohou prohlédnout skelet samce i samice nosorožce bílého. Jedná se o pár ze Zoologické zahrady v Ústí nad Labem. Samice Saša a její životní partner samec Dan spolu tvořili pár celých 27 let. Nyní jsou jako exponáty vystaveny v zoologickém muzeu. Nosorožec černý doplňuje tuto vzácnou kolekci nosorožců.
Velikost kosterních pozůstatků těchto zvířat jsou tedy pro návštěvníka fascinujícím zážitkem. Významným exemplářem je kostra křížence severní (Cottonova) a jižní formy nosorožce bílého. K vidění je kompletní skeleton a také dermoplastický preparát tohoto druhu, jedná se o světový unikát. Expozice je obohacena i o další druhy savců. Žirafa Rothschildova, nejvyšší savec na světě, je jediná stojící v České republice, měří 4,4 m. Neposlední součástí výstavy je i instalace útoku geparda na bránící se prase savanové. Kostra geparda je v útočné poloze zachycena na lankách ve vzduchu. Výstavu doplňují graficky zdařilé postery, na kterých si návštěvník může prohlédnout fotografie živých exemplářů, focených ve volné přírodě. Nechybí textová část, mnohdy obohacena zajímavostmi ze života konkrétního exponátu. Umístění exponátů v historické budově Kaplanka dodává výstavě o to více na atraktivitě.