Historie

Zoo vznikla ze soukromého chovu Miroslava Procházky, který se krokodýly zabýval již v mládí ve Stanici mladých přírodovědců v Písku, kde dětský kroužek choval dva krokodýly. Vlastní chov založil na své ekologické farmě ve Chvalšinách roku 1996, kdy si pořídil párek kajmanů. Celistvou kolekci krokodýlích druhů začal budovat roku 2000 a od roku 2005 krokodýly úspěšně rozmnožuje. Od roku 2005 buduje expoziční část zoo v centru Protivína, v historické kamenné budově stodoly bývalé konírny a kočárárny (původně špitálu), patřící k schwarzenberskému protivínskému zámku, který stojí na opačné straně náměstí. Budovu odkoupil od potomků soukromého majitele truhlárny, která v objektu předtím byla. Licenci zoo dle zákona č. 162/2003 Sb. získal od Ministerstva životního prostředí ČR v květnu 2008 na základě žádosti z ledna téhož roku. Jako datum vzniku zoo je uváděn 1. červen 2008. Do roku 2008 byla vybudována ekologická technologie vytápění pomocí tepelných čerpadel a prvních 11 terárií z celkového počtu 30 plánovaných. Od června 2008 jsou budována velká terária a do roku 2012 mají být vybudována i terária v patře budovy. Cílovým výstavním záměrem je vystavovat všech 23 dosud žijících krokodýlích druhů a tuto expozici doplnit výstavou osteologických i z menší části i dermoplatických preparátů nejen krokodýlů, ale i savců a dalších obratlovců. Z chovatelského hlediska je cílem sestavit v zoo i na farmě chovné skupiny ohrožených a kriticky ohrožených druhů krokodýlů.

V roce 2008 měla zoo 16 tisíc návštěvníků a v roce 2009 již 26 tisíc nebo téměř 30 tisíc. V roce 2010 ji navštívilo 36,5 tisíc lidí, avšak kapacita zoo nestačí uspokojit všechny zájemce o návštěvu.

V roce 2009 vydal majitel zoo Atlas krokodýlů, z výtěžku jeho prodeje podporuje na Borneu – Lake Mesangat – vznik rezervace k zachování tamní populace gaviála sundského a krokodýla siamského.

V roce 2010 získala zoo dotaci 34,6 milionu Kč na rekonstrukci v plánované ceně 47,3 milionu Kč. K přestavbě budovy a zhotovení nových velkoplošných terárií došlo za podpory fondu EU – ROP Jihozápad v letech 2012 až 2015, počet expozičních  terárií, z nichž největší má 120 m 2 vzrostl na dvacetšest a přibyly další druhy krokodýlů. 

V roce 2017 se povedl největší chovatelský úspěch – rozmnožení gaviála indického (Gavialis gangeticus), kdy se v březnu nakladených vajec vylíhlo počátkem května celkem sedmnáct mláďat a z toho třináct dorostlo do věku vhodném k předání dalším zoologickým zahradám.

Od roku 2018 se rozroslta expozice o výstavu bíle zbarvených krokodýlů a návštěvníci tak mohou vidět albíny aligátorů severoamerických a unikátní leucíny krokodýla nilského a gaviála sundského. V roce 2020 zoo vystavovala již 23 druhů krokodýlů a  počet návštěvníků zoo přesáhl šedesát tisíc za rok.